En 1052, année à laquelle remonte la première mention de la culture de la vigne au Valais, la colline s'appelle en latin Castellum Psallionis, le Château de Psallion. La population locale s'y est retirée en raison de l'anarchie et de l'insécurité consécutives à la chute de l'empire de Charlemagne.

Sa situation stratégique intéressa alors la Savoie, qui en prit possession au début du XIIIe siècle, renforça ses remparts et construisit le donjon Bayart, avec l'ambition d'en faire une place de foire pour concurrencer celle de leur ennemi l'évêque de Sion. En 1475 toutefois, les patriotes haut-valaisans s'emparèrent du Bas-Valais et incendièrent les châteaux savoyards, y compris celui de Saillon, et le bourg redevint un paisible village.

Au XIXe siècle, Saillon fut le village où se réfugia le hors-la-loi valdôtain Joseph-Samuel Farinet, traqué par toutes les polices. Contrebandier rusé, bandit au grand coeur qui frappait de la fausse monnaie et la distribuait aux démunis, Farinet fut un peu le Robin des Bois des Alpes. En 1880, après 10 ans de traque, on découvrit son corps au bas des gorges de la Salentze, apparemment abattu par la police.

Il est enterré au pied du clocher de l'église et son souvenir, perpétué d'abord par l'écrivain C.-F. Ramuz et d'autres poètes, demeure à travers un insolite Musée de la fausse monnaie, la plus petite vigne du monde (3 ceps seulement), des vitraux le long d'un extraordinaire itinéraire pédestre et une passerelle vertigineuse au-dessus des gorges où il périt.